Základním vlakovým zabezpečovačem má být  ERTMS (pdf), neboli Evropský systém řízení železniční dopravy (European Rail Traffic Management System), který má dvě základní části - komunikační systém GSM-R a vlakový zabezpečovač ETCS (Evropský vlakový zabezpečovací systém). Protože ETCS se na tratích v Evropě zatím téměř nevyskytuje, je třeba ve vozidlové části ETCS použít i specifické přenosové moduly (STM), aby vozidlová část ETCS mohla číst z trati zabezpečovače "národní". Některé STM nejsou dosud schváleny pro běžný provoz, tak je nutno používat místo nich celé mobilní části klasických národních zabezpečovačů.

Avšak ČD si ERTMS do lokomotiv 109E neobjednaly (objednaly si pouze jeho přípravu) a protože od začátku výroby lokomotivy 109 E vývoj a schvalování mobilních částí vlakových zabezpečovačů pokračuje, mění se i jejich plánované osazení na lokomotivách 109 E. Dle dostupných informací lze vysledovat, že prozatím na lokomotivách budou mobilní části národních zabezpečovačů a to:

•LZB s integrovaným PZB (Indusi) pro Německo a Rakousko
•MIREL pro Česko, Maďarsko a Slovensko (klasický zabezpečovač)
•SHP EDA3 pro Polsko (klasický zabezpečovač - nezávislý na ERTMS)

Později se ČD chystají lokomotivy 109E osadit mobilními částmi vlakových zabezpečovačů takto:

•ERTMS úrovně 2 včetně dvou modulů GSM-R
•STM LZB 80E spolu s integrovaným modulem PZB 90 (Indusi) pro Německo a Rakousko (v provedení STM)
•MIREL pro Česko, Maďarsko a Slovensko (klasický zabezpečovač - nezávislý na ERTMS)
(až bude schválen STM LS, bude místo MIRELu použit tento pro ČR, MR i SR, ale s vlastním bezpečným návěstním opakovačem)
•SHP EDA3 pro Polsko (klasický zabezpečovač - nezávislý na ERTMS)

Všem STM (kromě STM LS) stačí k zobrazení běžný dotykový displej ETCS, který nemusí zobrazovat strojvedoucímu stavy naprosto bezpečně, protože tyto zabezpečovače dokáží bezpečně fungovat i při poruše displeje ETCS. STM pro ČR, SR a MR (zde konkrétně STM LS) ke své bezpečné funkci musí zobrazovat strojvedoucímu kódy bezpečně. Proto musí být osazen vlastním zobrazovačem - návěstním opakovačem.

Součástí sytému ERTMS je též tzv. „černá skřínka“ Juridical Recorder Unit (JRU - juristická jednotka).